В отличие от прямого убийства клетки, апоптоз — это запрограммированный процесс самоуничтожения. Метамфетамин в высоких дозах является мощным индуктором апоптоза в дофаминовых нейронах. Это происходит через несколько механизмов. Во-первых, экстремальный оксидативный стресс повреждает ДНК и митохондрии клетки. Во-вторых, эксайтотоксичность, вызванная избытком глутамата, 'перегружает' клетку кальцием. Все это является сигналами для клетки запустить программу апоптоза. Это более 'тихий', но не менее разрушительный механизм нейротоксичности, чем считалось ранее.