В многостадийном органическом синтезе часто возникает необходимость временно 'маскировать' или 'защищать' одну функциональную группу, чтобы предотвратить её нежелательное взаимодействие в ходе реакции, предназначенной для другой части молекулы. Защита функциональных групп — это процесс обратимого превращения реакционноспособной функциональной группы в инертную производную, которая не будет реагировать в условиях последующих стадий, а затем её удаления после завершения необходимых превращений. Выбор подходящей защитной группы зависит от типа функциональной группы, условий реакций, которые она должна выдержать, и условий её последующего снятия. Например, для защиты спиртов часто используются ацетали (получаемые из альдегидов или кетонов), тетрагидропиранильные (ТГП) эфиры или силиловые эфиры. Аминогруппы могут быть защищены в виде амидов (ацетилирование, бензоилирование), карбаматов (например, Вос- или Сbz-группы) или иминов. Карбоксильные кислоты часто защищают в виде сложных эфиров (метиловые, этиловые, трет-бутиловые). Защитные группы должны быть легко вводимыми и легко удаляемыми в мягких условиях, не затрагивающих другие функциональные группы. В идеале, их введение и удаление не должно снижать выход целевого продукта. Тщательное планирование последовательности реакций и выбор защитных групп являются критически важными аспектами для успешного синтеза сложных органических молекул.