Фильтрация — необходимый этап при синтезе психоактивных веществ для удаления примесей и побочных продуктов. Используют бумажные, стеклянные и мембранные фильтры, а также делительные воронки для жидкостной экстракции. Для высокой степени очистки применяют вакуумную фильтрацию и фильтры с микронной пористостью. Оборудование должно быть устойчиво к действию используемых реагентов и легко очищаться после каждой процедуры. Соблюдение чистоты и регулярная замена фильтров обеспечивают высокое качество конечного продукта.