Соблюдение принципов стерильности – фундаментальное условие успешной микокультивации. Контаминация (загрязнение) субстрата или культуральной среды нежелательными микроорганизмами (бактериями, плесенью) является основной причиной неудач. Для предотвращения контаминации необходимо использовать стерильные инструменты (прокаливание, спиртовая обработка), работать в чистом, дезинфицированном помещении. Стерилизация субстрата (автоклавирование или паровая обработка) уничтожает существующие микроорганизмы. Инокуляция должна проводиться в условиях минимального воздушного потока, например, в ламинарном боксе, перчаточном боксе или рядом с открытым огнем, чтобы создать стерильную зону. Чистота рук, одежды и поверхностей также имеет решающее значение.