Культивация грибов начинается с инокуляции, то есть внесения спор или мицелия в стерильный субстрат. Субстрат служит питательной средой для роста грибов. Общие типы субстратов включают зерно (рожь, пшеница, просо), опилки, навоз и различные их смеси. Крайне важно обеспечить стерильность субстрата и оборудования, чтобы предотвратить рост конкурирующих микроорганизмов. Для стерилизации субстрата используется автоклавирование или паровая обработка. Инокуляция проводится в стерильных условиях, например, в ламинарном боксе или перчаточном боксе, чтобы минимизировать риск контаминации. После инокуляции субстрат помещается в инкубатор для колонизации мицелием.